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股權激勵計劃方案生效后，不管是上市公司和非上市公司，都進入了股權激勵計劃的授予和行權程序。就上市公司來說，股權激勵計劃生效后，還應持有關文件到證券交易所辦理信息披露事宜，到證券登記結算機構辦理相關登記結算事宜。除信息披露外，上市公司和非上市公司都需要按照以下程序完成股權激勵計劃的授予和行權程序。
公司向激勵對象授予股權激勵標的并簽署《股權激勵合同》。公司將一定數量的股票期權、限制性股票、認股權等股權激勵標的授予激勵對象時，公司應與激勵對象簽署《股票期權授予協議書》《限制性股票授予協議書》及《認股權授予協議書》，等等，以此約定雙方的權利義務關系。《股票期權授予協議書》《限制性股票授予協議書》及《認股權授予協議書》也可以作為授出股權激勵的證明文件，一般應載明姓名、身份證號碼、住所、通信方式、編號、調整情況記錄、行權情況記錄、各種簽章、協議日期、有關注意事項等。
激勵對象簽署《激勵對象承諾書》，確認《激勵對象的具體考核責任》，明確欲實現股權激勵計劃需要公司達到的業績條件，了解股權激勵計劃的相關制度。
激勵對象在股權激勵計劃方案規定的等待期內為公司努力工作，實現公司的業績目標標，以達到行權條件;激勵對象遵守公司股權激勵相關制度，以便符合激勵對象行權資格，等待行權。
股權激勵計劃等待期滿，如果公司達到了股權激勵計劃方案約定的行權條件，并且激勵對象通過了股權激勵計劃的績效考核，則激勵對象可以申請行權。激勵對象在可行權日或者行權窗口期內以《行權申請書》向公司確認行權的數量和價格，并交付相應的行權(購股)款項。《行權申請書》一般應載明行權的數量、行權價，以及股權激勵標的持有者的交易信息等。
董事會審核確認之后，根據激勵對象申請行權的數量，授予激勵對象股權激勵標的利益。根據不同的股權激勵計劃，股權激勵標的利益是不同的，也許是股票，也許是現金。就上市公司來說，經董事會審核確認后，還需經證券交易所確認，激勵對象還需到證券登記結算機構辦理登記結算事項。
在股權激勵計劃等待期滿，公司若是達到股權激勵計劃規定的行權條件，行權條件不成立，則取消該期股權激勵計劃，取消所有激勵對象的行權資格。如果公司符合股權激勵計劃中約定的行權條件，但個別激勵對象未通過考核，則對該個別激勵對象取消本期股權激勵，其他激勵對象仍可以行權。
